En 1639 sucedió a Richard Nicholson como organista del Magdalen College, Oxford, y como Heather Professor of Music en esa universidad; se graduó de Bachiller en Música el 9 de julio de 1640. Se convirtió al catolicismo y renunció a sus cargos en 1656 para viajar a Francia como organista de la reina Enriqueta María, viuda del ejecutado rey Carlos I; regresó a Inglaterra en 1660 después de la Restauración, y se hospedó en casa de la familia de John Caryl, un gentleman de la 'Romish persuasion', en Harting, Sussex, donde luego adquirió algunas tierras.

Phillips escribió música instrumental y vocal. Su música instrumental sobreviviente, que se conserva en la Biblioteca Bodleiana de Oxford, se compone de algunas variaciones para teclado, y algunas piezas de conjuntos. Puso música a poemas (incluyendo poesía realista) e himnos, entre ellos "The Requiem", o, "Liberty of an Imprisoned Royalist" (1641) de Thomas Pierce (otro estudiante de Magdalen, que fue compañero de Magdalen desde 1643 hasta su expulsión por la inspección parlamentaria).

Una imaginativa colección de variaciones para teclado en un motivo de cuatro barras en un manuscrito es de la mano de Thomas Tomkins y se asigna a Tomkins en el índice del manuscrito (que es  de la mano de Nathaniel Tomkins). Aunque se sabe, a partir de una nota en otro manuscrito, que Tomkins escribió un conjunto de variaciones sobre este mismo motivo; la propia música tiene una adscripción a Phillips (de la mano de Thomas Tomkins) y en el estilo del motivo se parece a las otras variaciones para teclado atribuidas a Phillips. Las piezas consort son notables por sus activas partes de bajo.